update ORF to python 3
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222e3ee447
198
python/ORF.py
198
python/ORF.py
@ -1,102 +1,148 @@
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#!/usr/bin/python
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#Solution to the ORF rosalind problem - 'Open Reading Frames'
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#Author: Peter Vlasveld
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# Solution to the ORF rosalind problem - 'Open Reading Frames'
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# Author: Peter Vlasveld
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#function to generate the orfs
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# function to generate the orfs
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def orfGen(stri):
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#dictionary for translation
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translate = {
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"AAA":'K', "AAG":'K',
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"GAA":'E', "GAG":'E',
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"AAC":'N', "AAU":'N',
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"GAC":'D', "GAU":'D',
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"ACA":'T', "ACC":'T', "ACG":'T', "ACU":'T',
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"GCA":"A", "GCC":"A", "GCG":"A", "GCU":"A",
|
||||
"GGA":"G", "GGC":"G", "GGG":"G", "GGU":"G",
|
||||
"GUA":"V", "GUC":"V", "GUG":"V", "GUU":"V",
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"AUG":"M",
|
||||
"UAA":"*", "UAG":"*", "UGA":"*",
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"AUC":"I", "AUU":"I", "AUA":"I",
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||||
"UAC":"Y", "UAU":"Y",
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||||
"CAA":"Q", "CAG":"Q",
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||||
"AGC":"S", "AGU":"S", "UCA":"S", "UCC":"S", "UCG":"S", "UCU":"S",
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||||
"CAC":"H", "CAU":"H",
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||||
"UGC":"C", "UGU":"C",
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||||
"CCA":"P", "CCC":"P", "CCG":"P", "CCU":"P",
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||||
"UGG":"W",
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"AGA":"R", "AGG":"R", "CGA":"R", "CGC":"R", "CGG":"R", "CGU":"R",
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||||
"UUA":"L", "UUG":"L", "CUA":"L", "CUC":"L", "CUG":"L", "CUU":"L",
|
||||
"UUC":"F", "UUU":"F"
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}
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#list to contain protein sequences
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proteins = []
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# dictionary for translation
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translate = {
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"AAA": "K",
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||||
"AAG": "K",
|
||||
"GAA": "E",
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||||
"GAG": "E",
|
||||
"AAC": "N",
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||||
"AAU": "N",
|
||||
"GAC": "D",
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"GAU": "D",
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"ACA": "T",
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||||
"ACC": "T",
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"ACG": "T",
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"ACU": "T",
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"GCA": "A",
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"GCC": "A",
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"GCG": "A",
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"GCU": "A",
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"GGA": "G",
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"GGC": "G",
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"GGG": "G",
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||||
"GGU": "G",
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||||
"GUA": "V",
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||||
"GUC": "V",
|
||||
"GUG": "V",
|
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"GUU": "V",
|
||||
"AUG": "M",
|
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"UAA": "*",
|
||||
"UAG": "*",
|
||||
"UGA": "*",
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"AUC": "I",
|
||||
"AUU": "I",
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||||
"AUA": "I",
|
||||
"UAC": "Y",
|
||||
"UAU": "Y",
|
||||
"CAA": "Q",
|
||||
"CAG": "Q",
|
||||
"AGC": "S",
|
||||
"AGU": "S",
|
||||
"UCA": "S",
|
||||
"UCC": "S",
|
||||
"UCG": "S",
|
||||
"UCU": "S",
|
||||
"CAC": "H",
|
||||
"CAU": "H",
|
||||
"UGC": "C",
|
||||
"UGU": "C",
|
||||
"CCA": "P",
|
||||
"CCC": "P",
|
||||
"CCG": "P",
|
||||
"CCU": "P",
|
||||
"UGG": "W",
|
||||
"AGA": "R",
|
||||
"AGG": "R",
|
||||
"CGA": "R",
|
||||
"CGC": "R",
|
||||
"CGG": "R",
|
||||
"CGU": "R",
|
||||
"UUA": "L",
|
||||
"UUG": "L",
|
||||
"CUA": "L",
|
||||
"CUC": "L",
|
||||
"CUG": "L",
|
||||
"CUU": "L",
|
||||
"UUC": "F",
|
||||
"UUU": "F",
|
||||
}
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||||
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||||
#loop that runs through the sequences from each amino acid in the sequence
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||||
for i in xrange(0, len(stri)-2):
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||||
tempStr = ""
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||||
tempBool = False
|
||||
j = i
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||||
#find an orf and break when it is finished
|
||||
while j < len(stri)-2:
|
||||
if translate[stri[j:j+3]] == "*":
|
||||
tempBool = False
|
||||
if translate[stri[j:j+3]] == "M":
|
||||
tempBool = True
|
||||
if tempBool:
|
||||
tempStr += translate[stri[j:j+3]]
|
||||
else:
|
||||
break
|
||||
j += 3
|
||||
#add the orf to proteins only if it ends with a stop codon
|
||||
if tempStr != "" and tempBool == False:
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||||
proteins.extend([tempStr])
|
||||
#return the protein list
|
||||
return proteins
|
||||
# list to contain protein sequences
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||||
proteins = []
|
||||
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||||
#function to return the DNA compliment
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||||
# loop that runs through the sequences from each amino acid in the sequence
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||||
for i in range(0, len(stri) - 2):
|
||||
tempStr = ""
|
||||
tempBool = False
|
||||
j = i
|
||||
# find an orf and break when it is finished
|
||||
while j < len(stri) - 2:
|
||||
if translate[stri[j: j + 3]] == "*":
|
||||
tempBool = False
|
||||
if translate[stri[j: j + 3]] == "M":
|
||||
tempBool = True
|
||||
if tempBool:
|
||||
tempStr += translate[stri[j: j + 3]]
|
||||
else:
|
||||
break
|
||||
j += 3
|
||||
# add the orf to proteins only if it ends with a stop codon
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||||
if tempStr != "" and tempBool is False:
|
||||
proteins.extend([tempStr])
|
||||
# return the protein list
|
||||
return proteins
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||||
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||||
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# function to return the DNA compliment
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||||
def DNACompliment(stri):
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rev = stri[::-1]
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||||
revList = list(rev)
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||||
for i in xrange(0, len(revList)):
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||||
if revList[i] == "A":
|
||||
revList[i] = "T"
|
||||
elif revList[i] == "T":
|
||||
revList[i] = "A"
|
||||
elif revList[i] == "G":
|
||||
revList[i] = "C"
|
||||
elif revList[i] == "C":
|
||||
revList[i] = "G"
|
||||
revCompStr = "".join(revList)
|
||||
return revCompStr
|
||||
rev = stri[::-1]
|
||||
revList = list(rev)
|
||||
for i in range(0, len(revList)):
|
||||
if revList[i] == "A":
|
||||
revList[i] = "T"
|
||||
elif revList[i] == "T":
|
||||
revList[i] = "A"
|
||||
elif revList[i] == "G":
|
||||
revList[i] = "C"
|
||||
elif revList[i] == "C":
|
||||
revList[i] = "G"
|
||||
revCompStr = "".join(revList)
|
||||
return revCompStr
|
||||
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||||
#get file content
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# get file content
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f = open("rosalind_orf.txt")
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content = f.readlines()
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f.close()
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DNAStr = ""
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#construct full DNA sequence
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||||
for i in xrange(1, len(content)):
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||||
DNAStr += content[i]
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||||
# construct full DNA sequence
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||||
for i in range(1, len(content)):
|
||||
DNAStr += content[i]
|
||||
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||||
#remove whitespace
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||||
# remove whitespace
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||||
noWhiteDNA = "".join(DNAStr.split())
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#convert DNA to RNA
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# convert DNA to RNA
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||||
RNA = noWhiteDNA.replace("T", "U")
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#get DNA compliment and convert that to RNA as well
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||||
# get DNA compliment and convert that to RNA as well
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||||
revCompRNA = DNACompliment(noWhiteDNA).replace("T", "U")
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||||
#get orfs for both sequences
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# get orfs for both sequences
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protList = orfGen(RNA)
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protList.extend(orfGen(revCompRNA))
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#get rid of duplicates
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# get rid of duplicates
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finalList = list(set(protList))
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#print the list
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# print the list
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for i in finalList:
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print(i)
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print(i)
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